Para configurar cualquier notificación del iPhone en el Pebble (excepto sms y llamadas) tienes que hacer lo siguiente:
En tu iPhone, te vas a ajustes/centro de notificaciones y de cada aplicación que quieras que te avisa (whatsapp, mail, facebook, etc) tienes que entrar en su ajuste y hacer el famoso "finger dance" o juego de dedos que se trata de quitar el aviso de notificación y volverlo a poner, normalmente se pone el aviso por "tira" y como está al lado de "nada" se puede hacer con uno o dos dedos y rápido.
Lo de que no te sincroniza con ninguna app a que te refieres?